विश्व हिन्दू रक्षा परिषद ने शंकराचार्य पर गंभीर आरोप लगाए हैं। परिषद के राष्ट्रीय महामंत्री राहुल सिंह ने दावा किया है कि धर्म की गद्दी पर बैठकर राजनीतिक एजेंडा चलाया जा रहा है। परिषद ने शंकराचार्य पर सनातन धर्म के विरुद्ध रिकॉर्ड रखने का आरोप लगाया है। इन आरोपों में धारा 370 का खुला विरोध, राम मंदिर प्राण प्रतिष्ठा समारोह में अनुपस्थिति, काशी विश्वनाथ धाम परियोजना का विरोध और मणिकर्णिका घाट के विकास का विरोध शामिल है। राहुल सिंह ने यह भी आरोप लगाया है कि शंकराचार्य ने पटना में कांग्रेस के मंच को साझा किया था। इसके अतिरिक्त, उन पर बिहार चुनाव में कांग्रेस को जिताने की अपील करने और राहुल गांधी द्वारा तैयार स्क्रिप्ट पर बयान देने का आरोप है। विश्व हिन्दू रक्षा परिषद का कहना है कि ये सभी विरोध महज संयोग नहीं, बल्कि एक सुनियोजित एजेंडा का हिस्सा हैं। परिषद ने सवाल उठाया है कि जो राम, काशी और सनातन का नहीं, वह शंकराचार्य कैसे हो सकता है।