महबूबा मुफ्ती ने पूर्व मुख्य न्यायाधीश डी. वाई. चंद्रचूड़ पर ग्यानवापी मस्जिद से संबंधित फैसले को लेकर आलोचना की, कहा कि इस फैसले ने देश में धार्मिक तनाव बढ़ाया है और यह भारत को विभाजन की ओर धकेल सकता है। उन्होंने इस फैसले को 'बहुत बुरा' बताते हुए कहा कि इससे धार्मिक स्थलों की स्थिति में हस्तक्षेप हो रहा है, जो देश की धर्मनिरपेक्षता की नींव को हिला सकता है।