मालेगांव में 2008 को हुए धमाके मामले में साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर, लेफ्टिनेंट कर्नल श्रीकांत प्रसाद पुरोहित के साथ समीर कुलकर्णी पर भी आरोप लगाए गए थे | समीर कुलकर्णी पर धमाके की साजिश रचने, भोपाल में धमाके की बैठक में शामिल होने और अभिनव भारत की गतिविधियों में हिस्सा लेने का आरोप था जो गलत साबित हुए ।