नैनीझील में इन दिनों लगातार मछलियां मर रही हैं। विभिन्न स्थानों पर मछलियां मरकर पानी के थपेड़ों से झील के किनारे आ जा रही हैं। झील में मछलियों को खाद्य सामग्री डालने पर प्रतिबंध होने के बावजूद पर्यटक व अन्य खाद्य सामग्री बेधड़क डाल रहे हैं। इससे झील का पारिस्थितिकी तंत्र भी प्रभावित हो रहा है।

नैनीझील के पारिस्थितिकी तंत्र को मजबूत रखने के लिए झील में खाद्य सामग्री डालने पर पूर्ण प्रतिबंध है। साथ ही झील में ऑक्सीजन की कमी को पूरा करने के लिए जिला विकास प्राधिकरण की ओर से ऑक्सीजन कंट्रोल रूम स्थापित कर निजी संस्था के माध्यम से झील को कृत्रिम ऑक्सीजन दी जा रही है जिससे झील में मौजूद मछलियां अपनी पूर्ण जिंदगी जी सकें। इधर इन दिनों झील में कई जगह मरी हुई मछलियां नजर आ रही हैं जो चिंता का विषय बना हुआ है।