साढ़े छह बजे ट्रेन संचालन को बंद कर दिया गया। मौके पर लोगों की भीड़ एकत्रित हो गई। आरपीएफ, जिगना, विंध्याचल, मांडा पुलिस और सीओ लालगंज मौके पर पहुंच कर बैरिकेडिंग कर पाली-हरगढ़ प्रवेश मार्ग को बंद कर दिया। सुबह 8:50 पर अशोक कुमार मिश्र के नेतृत्व में आए बम निरोधक दस्ते और डाग स्क्वॉड ने जांच की।
आधे घंटे में स्पष्ट हो गया कि बम जैसी दिखने वाली इलेक्ट्रानिक डिवाइस में बारूद नहीं है। टीम तार को अलग करने के बाद उसे अपने साथ ले गई। बम न होने की पुष्टि के बाद साढ़े नौ बजे ट्रेन परिचालन शुरू किया गया। चर्चा रही कि अंडरब्रिज में उर्दू में लिखा कोई पत्र मिला है लेकिन पुलिस के मुताबिक उसे ऐसा कोई पत्र नहीं मिला है।
अंडरब्रिज के नीचे बम जैसी इलेक्ट्रानिक डिवाइस मिलने पर ट्रेनों का परिचालन रोक दिया गया था। इसके कारण प्रयागराज से पंडित दीनदयाल उपाध्याय रेलवे स्टेशन तक कई ट्रेनें रुकी रहीं।
सूचना मिलने पर साढ़े छह बजे ट्रेन परिचालन रोका गया था।
नंदन-कानन एक्सप्रेस को गैपुरा, मिर्जापुर रेलवे स्टेशन पर क्षिप्रा एक्सप्रेस (22912) अप लाइन पर रोकी गई थी। क्षिप्रा छह बजकर 38 मिनट पर आई थी। वह प्रयागराज जा रही थी। इस ट्रैक को नौ बजकर 20 मिनट पर रवाना किया गया। प्रयागराज में मगध एक्सप्रेस, पुरुषोत्तम एक्सप्रेस रुकी थी। इनको डाउन लाइन पर रोका गया था।
पीडीडीयू नगर में कालका एक्सप्रेस अप लाइन पर रुकी थी। विंध्याचल में पटना से कुर्ला जा रही पटना-कुर्ला एक्सप्रेस को सुबह छह बजे प्लेटफार्म नंबर तीन पर रोक दिया गया था। जांच के बाद सवा नौ बजे ट्रेन को रवाना किया गया। इसी तरह प्रयागराज और पीडीडीयू रेलवे के बीच अलग-अलग स्टेशन पर कई ट्रेनें रुकी रहीं।