फरहान ने साल 2000 में अधुना भभानी के साथ शादी की थी। फरहान और अधुना के दो बच्चे हैं। साल 2017 में फरहान और अधुना के बीच अलगाव हो गया और दोनों ने तलाक ले लिया। दोनों ने अपने रिश्ते पर कभी सार्वजनिक रूप से कुछ नहीं कहा। पहले फरहान का नाम अभिनेत्री श्रद्धा कपूर से जुड़ा। दोनों के अलग होने के बाद फरहान ने शिबानी दांडेकर को डेट करना शुरू किया।