सहारनपुर में देशभर में हुई आतंकी घटनाओं में सहारनपुर का इनपुट ज्यादातर बार मिला है। इसमें आतंकियों द्वारा बंधक बनाए गए विदेशी नागरिक से लेकर संसद हमले में प्रयोग की गई कार तक शामिल हैं।
इसके अलावा करीब दो साल पहले इंडियन मुजाहिद्दीन का सक्रिय आतंकी स्लीपर सेल से संपर्क साधने सहारनपुर आ पहुंचा था। हालांकि उसे दिल्ली पुलिस की स्पेशल सेल ने रेलवे स्टेशन से ही गिरफ्तार कर लिया था।
नवंबर,1994 में तत्कालिक संगठन लश्कर ए तैयबा से जुड़ा मौलाना मसूद अजहर को छुड़ाने के लिए लश्कर ने पांच ब्रिटिश नागरिकों को अपहृत कर सहारनपुर के खाताखेड़ी में रखा गया था।
उन्हें छुड़ाने में साहिबाबाद थाने के इस्पेक्टर ध्रुव लाल यादव और एक सिपाही राजेश यादव शहीद हो गये थे। करीब पांच साल पहले ही शहर के पंजाबी बाग हकीकत नगर में पाकिस्तान के लिए जासूस करने के आरोप में शाहिद इकबाल भट्टी उर्फ देवराज सहगल को गिरफ्तार किया गया था।
जनवरी, 2010 में रूड़की से आईएसआई एजेंट आबिद अली उर्फ असदअली उर्फ अबू बकर उर्फ अजीत सिंह निवासी हंजरवाल, थाना ठोकर न्याजबेग, लाहौर, मार्च, 2010 को मुंबई में आतंकी संगठन लश्करके रियाज, अब्दुल लतीफ को मुंबई एटीएम ने पकड़ा था। उसके पास से सहारनपुर और मऊ केफोन नंबर मिले थे।