वाराणसी की जिला अदालत में स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद के खिलाफ पुलिस ने आगजनी, सरकारी संपत्ति को नुकसान पहुंचाने आदि आरोपों में चार्जशीट दाखिल की है। जिसमें स्वामी जी को अधीनस्थ अदालत से जमानत मिल चुकी है। हाईकोर्ट ने मुकद्दमे की सुनवाई प्रक्रिया पर रोक लगा रखी है, जिसे बढ़ा दिया है। आपराधिक मामला साल 2015 में गणेश प्रतिमा विसर्जन को लेकर निकाली गई प्रतिकार यात्रा मैं हुई जबरदस्त हिंसा से जुड़ा हुआ है।
वाराणसी पुलिस ने इस मामले में स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद के साथ ही महामंडलेश्वर संतोष दास उर्फ सतुआ बाबा और बालक दास समेत कई संतों के खिलाफ चार्जशीट दाखिल की है। वाराणसी की अदालत ने इस चार्जशीट पर संज्ञान लेते हुए मुकदमे की कार्यवाही शुरू कर दी थी। हाईकोर्ट ने शंकराचार्य स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद की अर्जी पर सुनवाई के बाद मुकदमे की कार्यवाही पर रोक लगा रखी है