इसके बाद जेल अधिकारियों ने एक आवेदन दायर कर इस आधार पर उसकी आभासी उपस्थिति की अनुमति मांगी थी कि वह एक बहुत उच्च जोखिम वाला कैदी था और सार्वजनिक व्यवस्था और सुरक्षा बनाए रखने के लिए उसे अदालत में शारीरिक रूप से पेश नहीं करना जरूरी था। हाल ही में जेल में बंद अलगाववादी नेता अपने खिलाफ अपहरण के मामले में सुप्रीम कोर्ट पहुंचे, जिसके बाद भारत के सॉलिसिटर जनरल तुषार मेहता ने केंद्रीय गृह सचिव अजय कुमार भल्ला को गंभीर सुरक्षा चूक के बारे में बताया। उन्हें 21 जुलाई को अदालत की अनुमति के बिना सशस्त्र सुरक्षा कर्मियों की सुरक्षा में जेल वैन में उच्च सुरक्षा वाले शीर्ष अदालत परिसर में लाया गया था।उस सप्ताह के अंत में दिल्ली जेल विभाग ने शीर्ष अदालत के समक्ष मलिक की शारीरिक उपस्थिति पर चार अधिकारियों को निलंबित कर दिया और चूक की जांच का आदेश दिया।
वर्तमान मामले में, 24 मई, 2022 को यहां एक ट्रायल कोर्ट ने मलिक को कड़े गैरकानूनी गतिविधियां (रोकथाम) अधिनियम (यूएपीए) और आईपीसी के तहत विभिन्न अपराधों के लिए दोषी ठहराते हुए आजीवन कारावास की सजा सुनाई थी। मलिक ने यूएपीए के तहत लगाए गए आरोपों सहित आरोपों को स्वीकार कर लिया था और उसे दोषी ठहराया गया था और आजीवन कारावास की सजा सुनाई गई थी।
सजा के खिलाफ अपील करते हुए, एनआईए ने इस बात पर जोर दिया है कि किसी आतंकवादी को केवल इसलिए आजीवन कारावास की सजा नहीं दी जा सकती क्योंकि उसने अपना अपराध स्वीकार कर लिया है और मुकदमा नहीं चलाने का विकल्प चुना है। सजा को बढ़ाकर मौत की सजा में बदलने की मांग करते हुए एनआईए ने कहा है कि अगर ऐसे खूंखार आतंकवादियों को दोषी मानने के कारण मौत की सजा नहीं दी जाती है, तो सजा नीति पूरी तरह खत्म हो जाएगी और आतंकवादियों के पास मौत की सजा से बचने का एक रास्ता बच जाएगा।
एनआईए ने दावा किया है कि आजीवन कारावास की सजा आतंकवादियों द्वारा किए गए अपराध के अनुरूप नहीं है, जब देश और सैनिकों के परिवारों को जान का नुकसान हुआ है, और ट्रायल कोर्ट का निष्कर्ष है कि मलिक के अपराध दुर्लभतम की श्रेणी में नहीं आते हैं। दुर्लभ मामलों में से मृत्युदंड देना पूर्वदृष्टया कानूनी रूप से त्रुटिपूर्ण और पूरी तरह से अस्थिर है। एजेंसी ने इस बात पर जोर दिया है कि यह बिना किसी संदेह के साबित हो चुका है कि मलिक ने घाटी में आतंकवादी गतिविधियों का नेतृत्व किया और खूंखार विदेशी आतंकवादी संगठनों की मदद से, घाटी पर कब्ज़ा करने की कोशिश में सशस्त्र विद्रोह की साजिश रच रहा था, योजना बना रहा था, इंजीनियरिंग कर रहा था और उसे अंजाम दे रहा था।