राष्ट्रीय जांच एजेंसी एनआईए पाकिस्तान के खिलाफ सबूत जुटाने में जुटी है। उड़ी और लंगेट में सैन्य प्रतिष्ठानों पर आतंकी हमले के साथ ही कुल चार मामलों में मुकदमा दर्ज कर कार्रवाई शुरू कर दी गई है। बहादुर अली जैसे जिंदा सबूत के बाद जांच के दौरान पाक के कनेक्शन ढूंढे जा रहे हैं ताकि उसे आतंक के मोर्चे पर घेरा जा सके।
उड़ी में इंफेंट्री ब्रिगेड मुख्यालय पर 18 सितंबर, हंदवाड़ा के लंगेट स्थित 30 राष्ट्रीय रायफल्स कैंप पर 6 अक्टूबर के साथ ही 25 जुलाई को पाकिस्तान की ओर से आतंकी घुसपैठ की हंदवाड़ा में दर्ज मुकदमे तथा 26 जुलाई को घुसपैठ की घटना की जांच एनआईए कर रही है।
26 जुलाई को हंदवाड़ा के कलामाबाद पुलिस थाने में दर्ज मुकदमे के बाद एनआईए ने जांच को अपने हाथ में लेते हुए 27 जुलाई को मुकदमा दर्ज किया।