राज्य में अल्पसंख्यक शैक्षणिक संस्थान खोलने के लिए उत्तराखंड अल्पसंख्यक शिक्षा प्राधिकरण से मान्यता लेने संबंधी प्रक्रिया को पूरा करना होगा। ऐसे में वर्तमान में जो 452 मदरसे उत्तराखंड मदरसा एजुकेशन बोर्ड से पंजीकृत हैं उनको भी मान्यता लेने संबंधित कार्रवाई पूरी करनी होगी। जो अधिनियम में संशोधन किया जा रहा है, उससे उत्तराखंड मदरसा एजुकेशन बोर्ड का अस्तित्व एक जुलाई 2026 से समाप्त हो जाएगा।
राज्य में 452 मदरसे उत्तराखंड मदरसा एजुकेशन बोर्ड के माध्यम से पंजीकृत है। इनमें करीब 68000 से ज़्यादा विद्यार्थी अध्ययनरत हैं। अभी तक जो व्यवस्था है उसमें मदरसा संचालन के लिए उत्तराखंड मदरसा एजुकेशन बोर्ड से ही मान्यता लेनी होती है। लेकिन नई व्यवस्था आने के बाद से बोर्ड का अस्तित्व खत्म हो जाएगा।