कई बार प्रशासन की टीम ने मातृ सदन पहुंचकर उनका मेडिकल परीक्षण कराने का प्रयास किया, लेकिन स्वामी शिवानंद सरस्वती ने यह कहते हुए अपना मेडिकल परीक्षण नहीं कराया कि वह तपस्या पर हैं और सीधे भगवान से ही प्रार्थना कर रहे हैं।
स्वामी शिवानंद सरस्वती ने आरोप लगाया कि दिल्ली में एम्स अस्पताल में भर्ती साध्वी पद्मावती की जांच रिपोर्ट और उपचार के दौरान यह बात सामने आ चुकी है कि प्रशासन ने उन्हें आश्रम से उठाने के बाद देहरादून अस्पताल में ले जाकर जान से मारने का प्रयास किया था। आरोप है कि साध्वी को जहर दिया गया था।