सेंट्रल सुन्नी वक्फ बोर्ड और मसाजिद कमेटी का कहना है कि ज्ञानवापी मामले की सुनवाई का अधिकार सेंट्रल सुन्नी वक्फ बोर्ड लखनऊ को है। बनारस के अवर न्यायालय को इसकी सुनवाई का अधिकार नहीं है। ज्ञानवापी मामले के तीसरे पक्षकार सेंट्रल सुन्नी वक्फ बोर्ड ने इसे लेकर जिला जज की अदालत में निगरानी याचिका दाखिल की थी। इसी अदालत में वर्ष 1991 के लंबित प्राचीन मूर्ति स्वयंभू लॉर्ड विश्वेश्वर से संबंधित ज्ञानवापी मामले में अंजुमन इंतजामिया मसाजिद कमेटी की तरफ से भी निगरानी याचिका लंबित हैं।
दोनों पक्षों ने मामले की सुनवाई करने वाली अदालत के क्षेत्राधिकार को लेकर सवाल उठाया है। कहा है कि बनारस के अवर न्यायालय को ज्ञानवापी मामले की सुनवाई का अधिकार नहीं है। वहीं, प्राचीन मूर्ति स्वयंभू ज्योतिर्लिंग लॉर्ड विश्वेश्वर की पैरवी के लिए अदालत से नियुक्त वादमित्र विजय शंकर रस्तोगी ने वर्ष 1991 से लंबित इस प्रकरण में आवेदन देकर ज्ञानवापी परिसर का पुरातात्विक सर्वेक्षण कराए जाने और पूजा-पाठ की अनुमति दिए जाने का अनुरोध किया है।