इसके बाद एसटीएफ मेरठ ने कलीम को हिरासत में लिया था, जो पाकिस्तान का आईएसआई एजेंट निकला। पूछताछ और मोबाइल फोन में वाट्सएप चैट भी मिली थी। कलीम ने पाकिस्तान के आईएसआई एजेंट से भी बात की हुई थी। पुलिस ने इस मामले में कलीम, तहसीम उर्फ मोटा और सहारनपुर निवासी यूसुफ समसी के खिलाफ मुकदमा दर्ज किया था। कलीम को मुजफ्फरनगर जेल में शिफ्ट किया गया था।