कक्षा 9 से लेकर कक्षा 12 तक के विद्यार्थियों के स्कूल खुलने के बाद भी अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय से जुड़े स्कूलों में फिलहाल ऑनलाइन शिक्षण ही जारी है। विश्वविद्यालय प्रशासन की फिलहाल स्कूलों को खोले जाने की कोई योजना नहीं है। इसके लिए शिक्षा मंत्रालय और विश्वविद्यालय अनुदान आयोग की गाइडलाइन का इंतजार किया जा रहा है।
अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय द्वारा एएमयू गर्ल्स स्कूल, एएमयू गर्ल्स सीनियर सेकेंडरी स्कूल, एएमयू सिटी स्कूल, एएमयू सिटी गर्ल्स स्कूल, एबीके यूनियन स्कूल गर्ल्स, एबीके यूनियन स्कूल बॉयज, एसटीएस स्कूल मिंटो सर्किल, एएमयू सीनियर सेकेंडरी स्कूल बॉयज संचालित किए जाते हैं। एएमयू स्कूल शिक्षा के निदेशक असफर अली खान कहते हैं कि विश्वविद्यालय द्वारा संचालित स्कूलों में आवासीय हॉल में रहने वाले विद्यार्थी भी हैं। ढाई हजार छात्र स्कूलों के हॉस्टल में रहते हैं। इसके चलते स्कूलों को खोला जाना संभव नहीं है। इसके अलावा विश्वविद्यालय प्रशासन विश्वविद्यालय अनुदान आयोग के दिशा निर्देशों का पालन करता है। स्कूल खोले जाने के संबंध में भी वह यूजीसी और शिक्षा मंत्रालय के निर्देशों की प्रतीक्षा कर रहा है। दूसरी ओर विश्वविद्यालय से जुड़े सूत्रों के मुताबिक संभावना व्यक्त की जा रही है कि नवंबर महीने में होने वाली प्रवेश परीक्षाओं के बाद विश्वविद्यालय कक्षाओं के ऑफलाइन संचालन को लेकर कोई निर्णय ले सकता है, लेकिन अभी फिलहाल में स्कूलों में ऑनलाइन शिक्षण कार्य जारी है।