शमशुल के मदरसे में नौकरी करते हुए बार-बार विदेश जाने, विदेशों से फंड जुटाने और उसको विभिन्न माध्यमों से मदरसों तक भेजने और उसमें अपना कमीशन लेने के तथ्य जांच में सामने आए हैं। एटीएस की रिपोर्ट के आधार पर संतकबीरनगर के जिला अल्पसंख्यक कल्याण अधिकारी शमशुल हुदा के विरुद्ध दो दिन पहले कोतवाली खलीलाबाद में मुकदमा दर्ज कराने के साथ उसके मदरसे को सील कर दिया गया है। एडीजी ने बताया कि शमशुल हुदा के विरुद्ध पूर्व में दो अन्य मुकदमे संतकबीरनगर और आजमगढ़ में दर्ज हुए थे, जिनमें अदालत में आरोप पत्र दाखिल किया जा चुका है।