सीबीआई की विशेष अदालत के विशेष न्यायाधीश नरेश कुमार लाका ने कहा कि बहुत उच्च स्तर के गणमान्य लोगों पर आपराधिक मुकदमा चलाने की मांग की गई है, लेकिन सीबीआई ने यह देखने की परवाह किए बिना कि कथित अपराधों के तत्व इस मामले में मौजूद हैं या नहीं, सिर्फ चार्जशीट पेश की। अधिकारियों ने कहा कि प्रारंभिक जांच के साथ 2011 में जांच शुरू करने वाली सीबीआई ने आपराधिक साजिश, जालसाजी और भ्रष्टाचार निवारण अधिनियम के प्रावधानों के तहत पिल्लई, अरोड़ा और बेदी के खिलाफ प्राथमिकी दर्ज की थी।
विशेष न्यायाधीश ने कहा, अनुमानों या अनुमानों के आधार पर एक आपराधिक मुकदमा शुरू नहीं किया जाता है, लेकिन अभियोजन पक्ष द्वारा रिकॉर्ड पर पर्याप्त सामग्री दिखाने की आवश्यकता होती है, जो विफल रही। उन्होंने कहा कि पंजाब टेक्निकल यूनिवर्सिटी पंजाब राज्य की सरकारी यूनिवर्सिटी है और इसे आरोपी नहीं बनाया गया है। अदालत ने तीनों अभियुक्तों को मामले से इस शर्त के साथ बरी कर दिया कि यदि आदेश को उच्च न्यायालय में चुनौती दी जाती है, तो उन्हें इसके समक्ष उपस्थित होना होगा।
सीबीआई ने आरोप लगाया था कि विश्वविद्यालय अनुदान आयोग, अखिल भारतीय तकनीकी शिक्षा परिषद और इंदिरा गांधी राष्ट्रीय मुक्त विश्वविद्यालय (इग्नू) ने 10 मई, 2007 को एक समझौता ज्ञापन (एमओयू) पर हस्ताक्षर किए थे, जिसमें एक विशेषज्ञ समिति गठित करने की बात कही गई थी। सीबीआई ने आरोप लगाया कि पिल्लई ने एमओयू का उल्लंघन किया और एकतरफा रूप से पंजाब तकनीकी विश्वविद्यालय को दूर के माध्यम से कुछ पाठ्यक्रम चलाने की अनुमति दी। अदालत ने इस आरोप को खारिज कर दिया।