स्वीकृत फीस संरचना में विश्वविद्यालय के सभी स्नातकोत्तर (पीजी) कार्यक्रम, कला संकाय तथा क्लस्टर इनोवेशन सेंटर के स्नातक पाठ्यक्रम, विधि संकाय के पांच वर्षीय एकीकृत विधि कार्यक्रम, प्रौद्योगिकी संकाय के बीटेक कार्यक्रम, शिक्षा संकाय के इंटीग्रेटेड टीचर एजुकेशन प्रोग्राम , विभिन्न पीजी डिप्लोमा, डिप्लोमा, एडवांस्ड डिप्लोमा और प्रमाणपत्र पाठ्यक्रम, पीएचडी कार्यक्रम तथा विश्वविद्यालय में प्रवेश लेने वाले विदेशी विद्यार्थियों के लिए निर्धारित शुल्क शामिल हैं।
बढ़ोतरी प्रोग्राम के हिसाब से तकरीबन 10 प्रतिशत तक की गई है। कार्यकारी परिषद सदस्य अमन कुमार ने विरोध जताते हुए आपत्ति पत्र भी दिया है। उन्होंने कहा कि जबसे यूनिवर्सिटी ने हीफा से लोन लिया है, तब से किसी ना किसी बहाने फीस में बढ़ोतरी की जा रही है।