यह तय किया गया कि हाई स्कूल के समकक्ष मुंशी और मौलवी तथा इंटर के समकक्ष आलिम में राष्ट्रीय शैक्षिक अनुसंधान एवं प्रशिक्षण परिषद (एनसीईआरटी) का संस्कृत का पाठ्यक्रम पढ़ाया जाएगा।
बोर्ड के डिप्टी डायरेक्टर अखलाक अहमद ने बताया कि मदरसा पाठ्यक्रम में संस्कृत ऐच्छिक विषय के रूप में रहेगा। पाठ्यक्रम समिति की बैठक में तय किया कि मदरसा पाठ्यक्रम के आधुनिक विषय हिंदी, गणित, विज्ञान, कंप्यूटर, सामाजिक विज्ञान आदि विषयों में एनसीईआरटी का पाठ्यक्रम पढ़ाया जाएगा।
इसमें एक विषय आयुष (तिब) भी है जिसमें चिकित्सा के संबंध में पढ़ाया जाता है। मदरसा पाठ्यक्रम में दीनयात से संबंधित विषय उसी तरह रहेंगे। इनमें कोई फेर-बदल नहीं किया गया है।