ओमार पर आरोप है कि इस्राइल के फलस्तीन के साथ बर्ताव की वजह से वह इस्राइल के खिलाफ हैं। ओमार पर इस्राइल के खिलाफ बहिष्कार, भंडाफोड़ और प्रतिबंध लगाने के अभियान के समर्थक होने का भी आरोप है। इस्राइल के गृह मंत्री आर्येह देरी ने हाल ही में कहा भी था कि जो लोग इस्राइल के खिलाफ काम कर रहे हैं, उन्हें पता होना चाहिए कि हम उन्हें जीने और यहां काम नहीं करने देंगे।
वहीं शकीर इन आरोपों को कई बार नकार चुके हैं। इस्राइल से बाहर निकाले जाने के फैसले के बाद उन्होंने इसके खिलाफ सुप्रीम कोर्ट में याचिका दाखिल की थी। हालांकि, सुप्रीम कोर्ट ने उन्हें अमेरिका वापस भेजने के फैसले को सही बताया था।
इस पर ओमार का कहना है कि न कभी उन्होंने और न ही ह्यूमन राइट्स वॉच के किसी प्रतिनिधि ने इस्राइल के बहिष्कार की बात कही है। हालांकि, फ्री स्पीच के तहत हम जो चाहें वो कह सकते हैं।