गंगा का जलस्तर बढ़ने से वरुणा में बैक फ्लो का खतरा बढ़ गया है। इसे ध्यान में रखकर प्रयागराज के दारानगर की तर्ज पर चैनलाइजेशन कराया जाएगा। नदी का सुंदरीकरण पर्यटन के मुताबिक विकसित करने की योजना पर 201 करोड़ रुपये से नदी की सफाई, दोनों किनारे पर पाथवे, रेलिंग, लाइट, पौधरोपण, बैठने के लिए कुर्सियां और पांच घाट को पक्का बनाने का कार्य मार्च 2016 में शुरू हुआ था। दिसंबर 2016 तक काम पूरा करना था लेकिन पांच साल बीत जाने के बाद भी काम पूरा नहीं हो सका। इसमें सबसे बड़ी बाधा वरुणा नदी के दोनों किनारों पर गिरने वाले 14 बड़े और सैकड़ों छोटे नालों को पाइप लाइन के जरिये डायवर्ट करना है।