साबरमती एक्सप्रेस हादसे की जांच एसआईटी भी कर रही है। शनिवार को ट्रेन के चालक, सहचालक, गार्ड के साथ ही जीआरपी थाना प्रभारी, आरपीएफ थाना प्रभारी व आरपीएफ के एक दरोगा के बयान दर्ज किए। एसआईटी ने ट्रेन के दोनों चालकों का मेडिकल करने वाले रेलवे के डॉक्टरों को बुलाया, लेकिन उन लोगों ने अपने विभाग के आला अफसरों की अनुमति के बिना कुछ भी बताने से मना कर दिया।
पनकी के पास साबरमती एक्सप्रेस के दुर्घटनाग्रस्त होने की वजहों की जांच रेलवे, पनकी थाना पुलिस और एनआईए, एटीएस के अलावा कई और खुफिया एजेंसियां कर रही हैं। शनिवार को पनकी थाना प्रभारी मानवेंद्र सिंह की अगुवाई में गठित एसआईटी ने आरपीएफ जूही थाना प्रभारी पीके यादव, एक सबइंस्पेक्टर, जीआरपी सेंट्रल स्टेशन थाना प्रभारी के बयान दर्ज किए। साबरमती एक्सप्रेस के दोनों चालकों व गार्ड से भी दुर्घटना को लेकर सवाल पूछे।