एजेंसी मामले के हर पहलू की दोबारा जांच कर रही है। मार्च 2025 में संदिग्ध परिस्थितियों में लापता हुए नेगी का शव बिलासपुर की गोविंद सागर झील से बरामद हुआ था। परिजनों ने इसे हत्या बताते हुए एचपीपीसीएल अधिकारियों पर मानसिक प्रताड़ना और दबाव के आरोप लगाए थे। मामले में तत्कालीन निदेशक देश राज निलंबित हुए, जबकि एमडी हरिकेश मीणा को भी जांच तक हटाया गया। हाईकोर्ट ने पुलिस जांच पर सवाल उठाते हुए मामला सीबीआई को सौंपा था। बाद में सुप्रीम कोर्ट ने सीबीआई जांच को बचकाना बताते हुए कड़ी नाराजगी जताई थी।