संगमा के परिवार में पत्नी सोरडनी के और चार बच्चे हैं। इनकी पुत्री अगाथा संगमा उन्हीं के निर्वाचन क्षेत्र से वर्तमान लोकसभा की सदस्या हैं जिनके नाम पर भारत की लोकसभा की सबसे कम आयु वाली सदस्या बनने का भी रिकॉर्ड दर्ज है। पी.ए संगमा के पुत्र कोनराड संगमा मेघालय विधान सभा में विपक्ष के नेता हैं।