अतीक अहमद को बरेली जेल में रखा गया था। उसका खौफ ऐसा था कि जेल की सुरक्षा करने वाले अफसरों की सुरक्षा के लिए अतिरिक्त पुलिस बल तैनात करना पड़ा था। जेल अधीक्षक ने उसे किसी अन्य जेल में शिफ्ट करने की सिफारिश की। हाल ये था कि यूपी की कोई भी जेल उसे रखने के लिए तैयार नहीं थी। अप्रैल 2019 में अतीक को पहले देवरिया फिर नैनी जेल भेजा गया। आखिरकार 3 जून 2019 को सुप्रीम कोर्ट कोर्ट के आदेश पर उसे गुजरात की साबरमती जेल भेज दिया गया तब से वह वहीं पर है।
मुख्तार को यूपी लाए जाने के बाद अब कहा जा रहा है कि अतीक अहमद को भी यूपी की जेल में वापस लाया जाएगा। हालांकि, प्रशासनिक स्तर पर अभी कोई कार्रवाई शुरू नहीं हुई है।