गृह मंत्रालय के आदेश पर एनआईए ने 15 जून को आतंकी हमले के मामले की जांच अपने हाथ में ली थी। एजेंसी ने 30 जून को भी राजोरी में कई स्थानों पर तलाशी ली थी। जांच के दौरान आतंकियों के मददगार (ओजीडब्ल्यू) हाकम खान उर्फ हाकिन दीन को गिरफ्तार किया गया था। जांच में सामने आया था कि हमले से पहले हाकम की ओर से आतंकियों की रेकी में मदद की गई थी। इसके बाद हाकम से पूछताछ के आधार पर उसके बताए गए स्थानों पर तलाशी ली गई थी। एनआईए की जांच के अनुसार हाकम ने आतंकियों को सुरक्षित आश्रय, रसद और भोजन उपलब्ध कराया था। जांच के दौरान आतंकवादियों और ओजीडब्ल्यू के बीच संबंधों को दर्शाने वाली विभिन्न वस्तुएं जब्त की गईं थीं।
गोलीबारी से खाई में गिर गई थी बस
आतंकियों ने 9 जून को शिवखोड़ी मंदिर से कटड़ा जा रही एक बस पर हमला किया था। हमला रियासी के पौनी इलाके में हुआ था। गोलीबारी से चालक नियंत्रण खो बैठा और बस खाई में गिर गई थी। इससे एक बच्चे सहित नौ श्रद्धालुओं की मौत और 41 घायल हो गए थे। उस समय जम्मू-कश्मीर पुलिस ने बताया था कि हमले में कम से कम दो आतंकवादी शामिल थे।