बीजेपी शासित राज्यों को कथित तौर पर इतिहास के साथ छेड़छाड़ करने के लिए बढ़ती आलोचना का सामना करना पड़ रहा है। बीजेपी शासित राज्यों के इतिहास को बदलकर मुगल शासक को बड़े पैमाने पर हत्यारों के रूप में दर्शाया गया है।
इसके साथ ही प्रमुख युद्धों में हिंदू शासकों को विजेताओं के रूप में दिखाया गया है। इस वजह से बीजेपी पर उसके राजनीतिक प्रतिद्वंद्वियों ने इतिहास के साथ छेड़छाड़ का आरोप लगाया है। विपक्षी दलों का कहना है कि बीजेपी शासित राज्यों में इतिहास की सच्चाई को मिटाया जा रहा है। इसमें सम्राट अकबर को महाराणा प्रताप से हारा दिखाया गया है। इसके साथ ही राजनीतिक विपक्षियों का आरोप है कि इनके नए इतिहासिक ग्रंथ में राष्ट्रपिता महात्मा गांधी और जवाहरलाल नेहरू गायब हैं।
आरोप है कि बीजेपी शासित राज्यों में इतिहास को फिर से लिखकर इसमें हिंदू शासकों को युद्ध के विजेता के रूप में दिखाया गया है। विपक्ष का आरोप है कि बीजेपी के पुनर्लेखन इतिहास में महात्मा गांधी की हत्या का कोई जिक्र नहीं है और आरएसएस के विचारक वीर सावरकर के बारे में बड़े विस्तार के साथ लिखा गया है।
विपक्ष का आरोप है कि राजस्थान की पाठ्यपुस्तकों में फिर से गांधी और नेहरू के नाम को हटा दिया गया है। उनका कहना है कि 8 वीं कक्षा की सामाजिक विज्ञान विषय में भारत के पहले प्रधानमंत्री कौन थे, इसका उल्लेख नहीं किया गया है। साथ ही नाथूराम गोडसे द्वारा महात्मा गांधी की हत्या किए जाने के बारे में भी कुछ भी नहीं दर्शाया गया है। हालांकि कक्षा 10 और 12 की नई पाठ्यपुस्तकों में महात्मा गांधी का संदर्भ है, लेकिन भारत के पहले प्रधानमंत्री नेहरू का कोई भी उल्लेख नहीं किया गया है।
दूसरी ओर आरएसएस विचारधारा के प्रमुख वीर सावरकर के बारे में विस्तार से दिया गया है। पाठ्यपुस्तकों में उनको महान क्रांतिकारी और महान देशभक्त बताया है। साथ ही कक्षा 11 की राजनीति विज्ञान की पाठ्यपुस्तक में कांग्रेस को कथित तौर पर ब्रिटिशों के पाले हुए बच्चे के रूप मेें बताया है।
विपक्ष का आरोप है कि बीजेपी सरकार ने इतिहास से छेड़छाड़ कर गुजरात राज्य की स्कूल पाठ्यपुस्तकों में भी मनचाहा बदलाव किया। वहां कि पाठ्यपुस्तकों में बताया गया कि अधिकांश राज्यों में हिंदू अल्पसंख्यक हैं और मुस्लिम, ईसाई और सिख बहुमत में हैं। इसके अलावा दसवीं की सामाजिक विज्ञान की बुक में हिटलर को एक नायक के रूप में दिखाया गया।