पिछले साल अक्टूबर 2016 में एर्नाकुलम के जिला शिक्षा अधिकारी की शिकायत पर केस दर्ज कराया गया था।
शिक्षा विभाग की जांच में पाया गया कि स्कूल एनसीईआरटी, सीबीएसई या राज्य सरकार की किताबों से पढ़ाई नहीं करवाता।
राज्य शिक्षा अधिकारी की रिपोर्ट में लिखा है कि किसी एक धर्म को बढ़ावा देने की पढ़ाई कराने वाला पाठ्यक्रम शिक्षा के अधिकारों के खिलाफ है।
जांच एजेंसियों ने मुताबिक आतंकी संगठन इस्लामिक स्टेट के साथ कथित संबंधों में एनआईए की जांच का सामना कर रहे अब्दुल रशीद और यास्मिन अहमेद ने इस स्कूल में काम करते थे।
पुलिस की जांच में पता चला है कि यह स्कूल नवी मुंबई स्थित इस्लामिक शिक्षण संस्थान 'बुरूज रियलाइजेशन' द्वारा संकलित किताबों को स्कूल में पढ़ाता था।
इन किताबों को तैयार करनेवाले तीन लोगों को कोच्चि पुलिस ने गिरफ्तार किया। इन पर विवादित इस्लामिक धर्म प्रचारक
जाकिर नाईक से संबंध होने के आरोप हैं।