वाजपेयी देश में अब तक हुए दो परमाणु परीक्षणों के गवाह रहे। पोखरण में 1998 में हुए परमाणु परीक्षण के दौरान वाजपेयी खुद पीएम थे। इससे पहले 1974 में हुए परीक्षण के दौरान इंदिरा गांधी पीएम थीं। तब वाजपेयी ने इंदिरा सरकार के इस फैसले का खुलकर समर्थन किया था।