हाल ही में एक साक्षात्कार में निखिल ने बताया कि करण के साथ उनका सार्वजनिक मतभेद था और उनके पास इंडस्ट्री में तीन साल तक कोई काम नहीं था। निखिल ने कहा, "कल हो ना हो के बाद, मेरे पास तीन साल तक काम नहीं था। कोई भी मेरे साथ काम नहीं करना चाहता था। मैंने धर्मा प्रोडक्शंस छोड़ दिया और यह एक बहुत ही सार्वजनिक नतीजा था। मेरे पास तीन साल तक कोई काम नहीं था और जब मैंने आखिरकार 'डी-डे' के बाद फिर से काम करना शुरू किया तो मैं बस कुछ भी और सब कुछ करना चाहता था। फिर, कभी मैं उस स्थिति में वापस नहीं जाना चाहता था।''
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इससे पहले निखिल ने एक इंटरव्यू में कहा कि उन्होंने और करण ने निर्माता यश जौहर के निधन के बाद एक-दूसरे से बात करना शुरू कर दिया था। उन्होंने कहा था, "2004 में उस समय हम दोनों में अहंकार था। मैंने 'कल हो ना हो' निर्देशित करने के बाद एक असिस्टेंट डायरेक्टर और डायरेक्टर का रिश्ता दो डायरेक्टर का हो गया। दोनों ने सुपरहिट फिल्में बनाईं। हम कभी भी बैठकर एक-दूसरे से नहीं पूछते कि क्या गलत हुआ, लेकिन जब यश अंकल गुजर गए तो हम फिर से एक-दूसरे से बात करने लगे।''
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अब निखिल अपनी बहन मोनिशा आडवाणी और मधु भोजवानी के साथ एम्मे एंटरटेनमेंट नाम से अपना प्रोडक्शन हाउस चलाते हैं। उनके जरिए निर्देशित की गई फिल्मों में 'पटियाला हाउस', 'चांदनी चौक टू चाइना' और 'बाटला हाउस' शामिल हैं। उन्होंने आखिरी बार साल 2008 में 26/11 के मुंबई आतंकवादी हमलों से निपटने के लिए चिकित्सा बिरादरी पर आधारित प्राइम वीडियो वेब सीरीज 'मुंबई डायरीज' बनाई थी और जनवरी में इसके दूसरे सीजन की शूटिंग पूरी कर ली है।
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