गिरफ्तारी के बाद शब्बीर के बताए ठिकाने पर छापेमारी कर पुलिस ने 30/30 लाइव राउंड, चार हैंड ग्रेनेड, एक एके राइफल व दो भरी हुई मैग्जीन समेत एक लाख रुपए कैश बरामद किया था। यह छापेमारी दिल्ली के सिटी गेस्ट हाउस, मजलिस पार्क, आजादपुर में की गई थी। इसी मामले में अभियोजन पक्ष की शिकायत के आधार पर शब्बीर के खिलाफ मनी लॉन्ड्रिंग के मामले में एफआईआर दर्ज की गई। यह रिपोर्ट लोधी रोड स्थित पुलिस थाने में दर्ज कराई गई थी।
दिल्ली पुलिस की स्पेशल सेल ने मामले की जांच की तो पाया शब्बीर देश विरोधी आतंकवादी गतिविधियों को अंजाम देने के लिए अन्य लश्कर आतंकवादियों के साथ आपराधिक साजिश रचने में लगा था। जिसमें वह इस धन को इस्तेमाल कर रहा था। इस मामले में दिल्ली पुलिस की स्पेशल सेल ने शब्बीर अहमद लोन के खिलाफ आईपीसी की धारा 121, 121-ए, 122, 123, 120 बी के तहत गैरकानूनी गतिविधि (पी) अधिनियम की धारा 17, 18, 20, 21 और 23 के तहत आरोप पत्र दायर किया जिसमें शस्त्र अधिनियम की धारा 25, 1959 की 54 और विस्फोटक पदार्थ अधिनियम की धारा 4 और धारा 5 को भी जोड़ा गया। इससे पहले निचली अदालत ने उसे इस मामले में दोषी ठहराते हुए छह साल जेल की सजा सुनायी थी।