जीएसटी लागू करने से पहले सरकार कर चोरी का पता लगाने वाली एजेंसियों को सुसंगठित कर रही है और वह दो नई एजेंसियों की स्थापना करेगी, जिसमें से एक कारोबारी सूचना और विश्लेषण के लिए होगी।
जीएसटी की जरूरतों के मुताबिक केंद्रीय उत्पादक एवं सीमा शुल्क बोर्ड (सीबीईसी) अपनी संरचना में जरूरी बदलाव कर रहा है। जीएसटी व्यवस्था में सीबीईसी का नाम बदलकर केंद्रीय अप्रत्यक्ष कर एवं सीमा शुल्क बोर्ड (सीबीआईसी) हो जाएगा।
सीबीईसी के मानव संसाधन विभाग ने क्षेत्रीय प्रमुखों को लिखे एक पत्र में कहा है कि डायरेक्टोरेट जनरल ऑफ जीएसटी इंटेलीजेंस (डीजीजीएसटीआई) मौजूदा डायरेक्टोरेट जनरल ऑफ सेंट्रल एक्साइज इंटेलीजेंस (डीजीसीईआई) का नया नाम होगा और इसे और अधिक शक्ति दी जाएगी। इसके अलावा दो नए महानिदेशालय डायरेक्टोरेट जनरल ऑफ एनालिटिक्स एंड रिस्क मैनेजमेंट (डीजीएआरएम) और डायरेक्टोरेट ऑफ इंटरनेशनल कस्टम्स का गठन हो रहा है।