धनखड़ ने अपनी राजनीति की शुरुआत जनता दल से की थी। 1989 में जगदीप धनखड़ झुंझनुं से सांसद बने थे। 1989 से 1991 तक वीपी सिंह और चंद्रशेखर की सरकार में केंद्रीय मंत्री भी रह चुके हैं...लेकिन जब 1991 में हुए लोकसभा चुनावों में जनता दल ने जगदीप धनखड़ का टिकट काट दिया तो वो पार्टी छोड़कर कांग्रेस में शामिल हो गए और अजमेर के किशनगढ से कांग्रेस पार्टी के टिकट पर 1993 में चुनाव लड़ा और विधायक बने।
2003 में उन्होंने कांग्रेस छोड़कर बीजेपी का हाथ थामा...70 साल के जगदीप धनखड़ को राष्ट्रपति रामनाथ कोविंद ने 30 जुलाई 2019 को बंगाल का 28वां राज्यपाल नियुक्त किया था।
2019 में पश्चिम बंगाल के राज्यपाल के तौर पर जगदीप धनखड़ ने खूब सुर्खियां बटोरी...तब से लेकर अब तक के कार्यकाल में उनके और सीएम ममता बनर्जी के बीच में कई विवाद सामने आए