जलसंस्थान पैसे की कमी से जूझ रहा है। शासन ने इस विभाग की ओर से एक तरह से ध्यान हटा लिया है, इस कारण विभाग में पैसे की बहुत तंगी है। उधर लेकर विभाग काम चला रहा है। लेकिन, इसके बाद भी पर्याप्त पैसे की कमी चल रही है। जल संस्थान पिछले कई सालों से आर्थिक तंगी से जूझ रहा है, कर्मचारी वेतन और पेंशन के लिए परेशान रहते हैं, वहीं रोजमर्रा के खर्च भी विभाग नहीं कर पा रहा है। मोटर फुंक जाने के कारण विभाग को उधारी का इंतजाम करना पड़ रहा है, लेकिन विभाग की समस्या का समाधान नहीं हो पा रहा है। इस कारण विभाग आर्थिक तंगी से जूझ रहा है।