करुणानिधि ने अपने राजनीति की शुरुआत हिंदी विरोधी आंदोलन से की थी। कल्लाकुडी में हिंदी विरोधी प्रदर्शन में उनकी भागीदारी, तमिल राजनीति में अपनी जड़ मजबूत करने में करुणानिधि के लिए मददगार साबित होने वाला पहला प्रमुख कदम था। इस औद्योगिक नगर को उस समय उत्तर भारत के एक शक्तिशाली मुग़ल के नाम पर डालमियापुरम कहा जाता था। विरोध प्रदर्शन में करुणानिधि और उनके साथियों ने रेलवे स्टेशन से हिंदी नाम को मिटा दिया था और रेलगाड़ियों के मार्ग को रोकने के लिए पटरी पर लेट गए थे। इस विरोध प्रदर्शन में दो लोगों की मौत हो गई थी, जिसके बाद करुणानिधि को गिरफ्तार कर जेल भेज दिया गया था।
भ्रष्टाचार के भी लग चुके हैं आरोप
करुणानिधि पर भ्रष्टाचार के भी आरोप लग चुके हैं। उन पर सरकारिया कमीशन द्वारा वीरानम परियोजना के लिए निविदाएं आवंटित करने में भष्टाचार का आरोप लगाया गया था। इस मामले में साल 2001 में उन्हें गिरफ्तार भी किया गया था। हालांकि करुणानिधि और उनके बेटे एम. के. स्टालिन के खिलाफ कोई पुख्ता सबूत नहीं मिलने के कारण बाद में यह मामला खत्म हो गया था।
करुणानिधि ने भगवान राम पर विवादित बयान देते हुए उनके वजूद पर ही सवाल खड़े कर दिए थे। उन्होंने कहा था 'कुछ लोग कहते हैं कि 17 लाख वर्ष पहले यहां एक व्यक्ति था, जिसका नाम राम था। उसने बिना छुए राम सेतु का निर्माण किया था। कौन है यह राम? किस इंजीनियरिंग कॉलेज से उसने स्नातक किया है? इसका किसी के पास कोई प्रमाण है?' इसपर खूब बवाल भी हुआ था। भाजपा नेता रविशंकर प्रसाद ने उन पर धार्मिक भेदभाव का भी आरोप लगाया था।
एलटीटीई के साथ संबंधों को लेकर भी रहे हैं चर्चा में
प्रतिबंधित संगठन लिबरेशन टाइगर्स ऑफ तमिल ईलम यानी एलटीटीई के साथ संबंधों को लेकर भी करुणानिधि चर्चा में रहे हैं। ये वहीं संगठन है जिसने पूर्व प्रधानमंत्री राजीव गांधी की हत्या करवाई थी। करुणानिधि पर एलटीटीई को बढ़ावा देने का आरोप लगा था। यह आरोप राजीव गांधी की हत्या की जांच करने वाले जस्टिस जैन कमीशन की रिपोर्ट में लगाया गया था। अप्रैल 2009 में करुणानिधि ने एक विवादास्पद बयान देकर इस मामले को और तूल दे दिया था। उन्होंने कहा था 'एलटीटीई चीफ प्रभाकरण मेरा अच्छा दोस्त है।' हालांकि उन्होंने यह भी कहा था कि राजीव गांधी की हत्या के लिए भारत एलटीटीई को कभी माफ नहीं कर सकता।