कार्यक्रम में अपने भाषण के दौरान शमसीर ने कथित तौर पर केंद्र पर आरोप लगाया कि वह विज्ञान और प्रौद्योगिकी में उपलब्धियों के बजाय बच्चों को हिंदू मिथक सिखाने की कोशिश कर रहे हैं। वहीं, भाजपा और विहिप का कहना है कि वे भगवान गणेश और पुष्पक विमानम के बारे में विधानसभा स्पीकर की टिप्पणी से व्यथित हैं।
पार्टी की केरल इकाई ने सोशल मीडिया पोस्ट में कहा कि भाजपा की राज्य समिति के एक सदस्य ने तिरूवनंतपुरम के पुलिस आयुक्त के समक्ष शिकायत दर्ज कराकर विधानसभा स्पीकर के खिलाफ उनकी कथित टिप्पणी को लेकर मामला दर्ज करने की मांग की है। उसने विपक्षी कांग्रेस पर इस मुद्दे पर चुप रहने का भी आरोप लगाया और मांग की कि वह इस मामले पर अपना पक्ष रखे। भाजपा ने अपने सोशल मीडिया पोस्ट में कहा कि अगर कांग्रेस चुप रहती है तो ऐसा प्रतीत होगा कि देश की सबसे पुरानी पार्टी विधानसभा स्पीकर के कथित भेदभावपूर्ण विचारों का समर्थन कर रही है।
भाजपा के सूचना एवं प्रौद्योगिकी विभाग के प्रभारी अमित मालवीय ने आरोप लगाया कि विधानसभा स्पीकर हिंदू आस्था और मान्यताओं को बदनाम करने के लिए अपने पद का दुरुपयोग कर रहे हैं और सवाल किया कि क्या कांग्रेस नेता राहुल गांधी इस तरह के विचारों से अपनी पार्टी को अलग करेंगे या अपनी चुप्पी से इसका समर्थन करेंगे।