एनसीईआरटी पाठ्यक्रम के कुछ हिस्सों को हटाने का निर्णय शिक्षकों और माता-पिता से समान रूप से विवाद और आलोचना के साथ मिला है। एनसीईआरटी भारत भर के स्कूलों के लिए पाठ्यक्रम निर्धारित करने के लिए जिम्मेदार है, और प्रमुख भागों को हटाने से छात्रों को प्रदान की जा रही शिक्षा की गुणवत्ता और व्यापकता के बारे में चिंताएं बढ़ गई हैं।
मंत्री शिवनकुट्टी ने यह भी घोषणा की है कि राज्य केरल स्कूल पाठ्यक्रम में छोड़े गए हिस्सों को शामिल करेगा। एनसीईआरटी ने स्कूल की पाठ्यपुस्तकों से मुगल इतिहास, गुजरात दंगों और डार्विन के विकासवाद के सिद्धांत जैसे विषयों को बाहर कर दिया है, जिसने बहस और आक्रोश को जन्म दिया है।
विवाद के जवाब में, मंत्री शिवनकुट्टी ने पुष्टि की कि राज्य सरकार के पास पाठ्यपुस्तकों को स्वतंत्र रूप से प्रिंट करने का अधिकार है जब तक कि केंद्र सरकार इन विषयों को पढ़ाने की अनुमति से इनकार नहीं करती। उन्होंने यह भी कहा कि शिक्षक संघ हटाए गए पाठों को शामिल करने का समर्थन करते हैं।